局机关设办公室、人事教育科、食品安全协调科、综合业务科、市场监督科、医疗器械科、稽查队、药品进口备案办公室、监察室、财务规划科共10个科室，56人。
下辖武鸣县、横县、宾阳县、上林县、马山县、隆安县6个分局，共130人。县分局属南宁市食品药品监督管理局的派出机构，正科级单位。
1、办公室
联系电话：0771-5893080
科室职能：
负责协调机关日常政务，管理机关行政事务，负责会议组织、文电处理、秘书事务、信息采集、新闻宣传、机要档案管理和统计、信访、保密、保卫等工作。负责对外合作交流工作，协调涉外事务。负责局机关直属单位资产、财务的管理和监督。负责组织行政复议和应诉工作，主持行政处罚听证；办理规范性文件备案审查，承担行政处罚案件的审核工作；承担法制监督职能，开展法律法规宣传，负责药品监管执法监督和组织执法大检查。
2、人事教育科
联系电话：0771-5893076
科室职能：
负责局机关和派出机构的机构编制、人事劳资和直管干部的考核、任免、奖惩和档案管理、计划生育、职称和外事行政工作；指导局机关和派出机构干部队伍建设，制订本地区食品药品监督管理人员培训规划和规章制度并组织实施；协助监督实施执业药师资格制度。负责局机关和派出机构的党群工作、思想政治工作和离退休人员工作。
3、食品安全协调科
联系电话：0771-5890350
科室职能：
依法行使对本行政区食品、保健品和化妆品的安全管理的综合监督职责（不代替现有各有关部门承担的食品安全具体监督职能），组织协调有关部门拟订本行政区食品、保健品、化妆品安全管理工作规划并监督实施；组织协调有关部门开展对食品、保健品和化妆品重大事故应急救援工作和专项执法监督检查活动。协助组织实施保健品生产、经营企业资格认定，监督实施保健品生产、经营质量管理规范和购销规则；负责对保健品的日常安全监督管理；负责行政区域内保健品广告的检查管理工作。
4、综合业务科
联系电话：0771-5702559
科室职能：
监督药品生产质量、医疗单位制剂管理规范等有关规章的实施；依法监督麻醉药品、精神药品、毒性药品、戒毒药品和放射性药品；配合上级部门组织开展药品不良反应监测和药品再评价；协助做好有关药品注册管理的相关事宜；监督实施药品的法定标准
5、市场监督科
联系电话：0771-5893059
科室职能：
贯彻实施药品流通法律法规，监督实施处方药、非处方药、中药材、中药饮片的购销规则；监督实施药品经营质量管理规范，依法核发药品经营企业零售许可证；监督检查药品广告。
6、医疗器械科
联系电话：0771－5893055
科室职能：
监督实施医疗器械、卫生材料产品的法定标准；协助推行医疗器械质量体系认证和产品安全认证制度；协助核发医疗器械生产企业许可证和医疗器械经营企业许可证；依法核发一类医疗器械产品注册证；依法监管医疗器械（含特种药械）的科研、生产、流通和使用；监督检查医疗器械广告。
7、稽查队
联系电话：0771-5893053
科室职能：
负责组织协调当地有关部门健全食品、保健品、化妆品安全一事故报告系统，依法组织开展对重大事故的查处；负责药品、医疗器械市场的稽查工作，监督抽验辖区内药品生产、经营、使用单位的药品质量，协助做好药品质量公报工作；监管中药材专业市场；负责对举报投诉和上级布置查处的药品、医疗器械质量案件进行调查处理，打击制售假冒伪劣药品、医疗器械行为，并依法处罚违法违规的责任人。
8、药品进口备案办公室
联系电话：0771－5889761
科室职能：
监督实施《药品进口管理办法》，依法办理药品进口通关备案；负责和国家食品药品监督管理局药品注册司报告口岸药品进口备案工作，负责协调药品进口备案工作；负责为进口单位的呈报资料承担保密责任；负责完成上级交办的其它药品进口备案工作及处理药品进口备案中发现的其他问题。
9、财务规划科
联系电话：0771－5893073
科室职能：
负责拟定局机关和派出机构的基建、装备规划和财务规划；组织编制经费收支预算、决算，输各项经费的核拨；负责局机关及县（市）食品药品监督管理分局的财务和国有资产管理工作；负责局机关日常财务工作。
纪检组、监察室按上级有关文件的要求设置。在上级纪检、监察部门和本局党组领导下，负责局机关、派出机构的党风廉政建设以及所属人员违纪违规案件的查处工作。